Ograniczenie w swobodzie dysponowania środkami na rachunku VAT przez posiadacza rachunku jest charakterystyczną cechą rachunku VAT. W artykule 62b ust. 2 pr. bank. ustawodawca wskazał zamknięty katalog obciążeń tego rachunku. To oznacza, że rachunek VAT nie powinien zostać obciążony środkami pieniężnymi w celach innych, niż wskazane w tym katalogu. Generalnie są to cele publicznoprawne, związane z realizacją zobowiązań podatkowych. Na tym tle wyróżnia się postanowienie art. 62b ust. 2 pkt 7 pr. bank., zgodnie z którym rachunek VAT może być obciążony w celu przekazania środków na rachunek wskazany przez naczelnika urzędu skarbowego w informacji o postanowieniu, o której mowa w art. 108b ust. 4 ustawy z dnia 11 marca 2004 r. o podatku od towarów i usług (ustawy VAT). Chodzi tu o postanowienie, które naczelnik urzędu skarbowego wydaje na wniosek podatnika i w którym wyraża zgodę na przekazanie środków z rachunku VAT na wskazany przez podatnika rachunek bankowy albo rachunek w spółdzielczej kasie oszczędnościowo-kredytowej, dla których jest prowadzony ten rachunek VAT (zob. art. 108b ust. 1 ustawy VAT). Co do zasady podatnik może wnioskować o przekazanie środków z rachunku VAT na cele inne niż określone w art. 62b ust. 2 pr. bank. Przepisy ustawy VAT nie przewidują możliwości badania przez naczelnika Urzędu Skarbowego celów na jakie mają być przekazane środki z rachunku VAT. Natomiast, zgodnie z art. 108b ust. 5 naczelnik urzędu skarbowego odmawia (a więc nie ma tu dowolności) w drodze decyzji zgody na przekazanie środków z rachunku VAT w przypadku istnienia u podatnika zaległości z tytułu podatków i składek na ubezpieczenie społeczne w wysokości odpowiadającej tej zaległości wraz z odsetkami za zwłokę, według stanu na dzień wydania decyzji. Ponadto naczelnik urzędu skarbowego odmawia tej zgody również gdy zachodzi uzasadniona obawa powstania u podatnika zaległości podatkowych.
Na tle regulacji art. 62b ust. 2 pr. bank. oraz art. 108b ustawy VAT powstały w ostatnich latach interesujące kontrowersje odnośnie tego, czy naczelnik urzędu skarbowego może odmówić syndykowi przekazania środków z rachunku VAT na spłatę wierzycieli. Nie budzi wątpliwości, że w katalogu art. 62b ust. 2 pr. bank. nie przewidziano wprost takiej możliwości. W orzecznictwie wyrażono pogląd, że środki zgromadzone na rachunku VAT nie mogą zostać uwolnione w innym celu, niż wynika to z przepisów ustaw (wyrok WSA w Krakowie z 3.9.2020 r., I SA/Kr 487/20, Legalis). Jasne i jednoznaczne stanowisko zajmuje tu również NSA. W uzasadnieniu do wyroku z dnia 16 marca 2021 r. (I FSK 1792/20, Legalis) NSA stwierdził, że „ogłoszenie upadłości podatnika nie ma wpływu ani na istnienie rachunku VAT (wynikający z przepisów prawa obowiązek banku prowadzenia takiego rachunku), ani też na określone przepisami prawa zasady dysponowania tym rachunkiem. […] Przepisy Prawa upadłościowego nie wyłączają zatem zastosowania przepisów normujących rachunki VAT w przypadku ogłoszenia upadłości podatnika podatku od towarów i usług. […] syndyk może dysponować środkami na rachunku VAT podatnika na takich samych zasadach, jak może to czynić podatnik.” Takie samo stanowisko zajął NSA w wyroku z dnia 17 maja 2022 r. (I FSK 236/22, Legalis), dodając, że "odmawiając przekazania syndykowi zasobów finansowych zgromadzonych na rachunku VAT, administracja podatkowa nie ogranicza masy upadłości, nie uzyskuje nieuzasadnionego, szybszego zaspokojenia należności podatkowych państwa, niezgodnego z kolejnością wskazaną w niemieszczącego się w Prawie upadłościowym i nie można przyjąć, że prowadzi niedozwoloną egzekucję wobec majątku tworzącego masę upadłości”. I można pomyśleć, że tym samym temat został zamknięty. Jednakże ta linia orzecznicza NSA, pomimo jednoznacznych wyroków, nie jest przesądzona. Ponad rok temu Wojewódzki Sąd Administracyjny we Wrocławiu powziął poważne wątpliwości, czy rygorystyczne ograniczenia możliwości dysponowania środkami zgromadzonymi na rachunku VAT, skutkujące odmową przez organ podatkowy zgody przekazania tych środków na inne cele niż zobowiązania publicznoprawne (nie tylko VAT), na rzecz innego wierzyciela publicznoprawnego, mieszczą się w granicach celu walki z oszustwami podatkowymi w VAT (to realizacja tego celu mała uzasadniać, zdaniem polskiego ustawodawcy, wprowadzenie mechanizmu podzielonej płatności). Tym samym WSA skierował do Trybunału Sprawiedliwości Unii Europejskiej (TSUE) postanowieniem z dnia 22 września 2022 r. (I SA/Wr 73/22, Legalis) trzy szczegółowe pytania prejudycjalne dotyczące tych wątpliwości. Postępowanie przed TSUE (sprawa C-709/22) dotyczące tych pytań jeszcze nie zostało zakończone ale warto je monitorować (zob. tu).